سلاح جدید علیه ویروسهای انسانی
پژوهشگران اکنون بیش از هشت هزار دایمر پروتئینی ویروسی را در اختیار عموم قرار دادند. دایمرها در واقع جفتهایی از مولکولهای پروتئینی هستند که با یکدیگر برهمکنش دارند. این دادهها به پایگاه ساختار پروتئین آلفافولد (AlphaFold) اضافه شدهاند؛ سیستمی که پیشبینیهای سهبعدی پروتئینها را با تکیه بر ابزار هوش مصنوعی «آلفافولد ۲» تولید میکند.
دادههای جدید متعلق به ۲۳ خانواده ویروسی است. نکته کلیدی اینجاست که تمام این خانوادهها شامل گونههایی هستند که توانایی آلوده کردن انسان را دارند. این بهروزرسانی در قالب یک «درگاه آمادگی در برابر همهگیری» تعریف شده تا دسترسی رایگان و سریع به ساختارهای پیچیده ویروسی برای دانشمندان تسهیل شود.
از انسان تا باکتری سل؛ گسترش مرزهای دادهها
تلاش برای تکمیل این بانک اطلاعاتی به همینجا ختم نمیشود. اوایل سال جاری، پژوهشگران ساختارهای پیشبینیشده ۱.۷ میلیون جفت پروتئین برهمکنشکننده را به این پایگاه افزودند. این مجموعه شامل ۲۰ جاندار است که بیشترین میزان مطالعه روی آنها صورت گرفته است؛ از جمله:
- انسان
- موش
- باکتری عامل بیماری سل
این اولین باری است که ترکیباتی نظیر آنزیمهایی که از دو رشته پروتئینی یکسان تشکیل شدهاند، وارد دیتابیس آلفافولد میشوند. مدیریت و نگهداری این پایگاه عظیم بر عهده مؤسسه اروپایی زیستشناسی مولکولی (EMBL-EBI) در هینکستون بریتانیا است.
چرا ویروسها «نقطه کور» بودند؟
جو گروو، ویروسشناس مولکولی دانشگاه گلاسگو که در این پروژه مشارکت داشته، معتقد است بسیاری از پروتئینهای ویروسی بهتنهایی عمل نمیکنند و برای فعالیت به همراهی پروتئینهای دیگر نیاز دارند. او اشاره میکند که با وجود سه میلیون کاربر و حجم عظیم دادهها، ویروسها تا پیش از این یک «نقطه کور» در پایگاه آلفافولد بودند.
کمبود اطلاعات باکیفیت بهویژه در مورد «فلاویویروسها» (از جمله ویروسهای زیکا و دنگی) احساس میشد. این نقص دادهها ریشه در نحوه تکثیر برخی ویروسها دارد و اکنون با ورود این اطلاعات جدید به پایگاه داده، مسیر طراحی داروها و واکسنها با دقت بیشتری هموار شده است.