در بیستوششم تیرماه ۱۳۸۵، فدراسیون فوتبال ایران، با مدیریت کیومرث هاشمی و بر اساس فرمول «خرد جمعی» مطرح شده از سوی داریوش مصطفوی، امیر قلعهنویی را به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال ایران منصوب کرد. هدف از این انتصاب، هدایت تیم ملی در رقابتهای جام ملتهای آسیا بود. این تصمیم در شرایطی اتخاذ شد که فوتبال ایران با چالش تعلیق مواجه بود و فدراسیون تحت نظر کمیته انتقالی فعالیت میکرد.
در آن مقطع، فدراسیون با حمایت از قلعهنویی، او را به مسابقات کوالالامپور اعزام کرد تا نخستین تجربه سرمربیگری تیم ملی را کسب کند. انتخاب او از همان ابتدا با انتقادات متعددی روبرو شد که هم به فرایند انتخاب و هم به سطح تجربه و آمادگی او برای این مسئولیت حساس مربوط میشد.
با وجود فضای انتقادی، قلعهنویی با تکیه بر کادر فنی خود و برنامهای ۱۲۰ صفحهای، اعلام کرد که تیم ملی در جام ملتهای آسیا به موفقیت دست خواهد یافت. او در کنفرانس خبری آکادمی ملی المپیک از برنامههای خود دفاع کرد و در پاسخ به سوالی درباره ضمانت اجرایی برنامه، اظهار داشت: «مگر ساختمانسازی میکنیم که ضمانت اجرایی داشته باشیم.» این پاسخ در آن زمان محل بحث و تفسیر قرار گرفت.
روند مسابقات نشان داد که برنامه ۱۲۰ صفحهای نتوانست نتیجه ملموسی برای فوتبال ایران به همراه داشته باشد. تیم ملی در نهایت در ضربات پنالتی برابر کره جنوبی حذف شد و این پایان نخستین تجربه سرمربیگری قلعهنویی در تیم ملی بود.